針對促進轉型正義委員會（下稱本會）前主委黃煌雄先生發表「促轉會應組成新團隊方能浴火重生」一文，促轉會表示，數個月來國民黨皆主張「拒審預算全面改組」，不清楚黃前主委發表這樣的個人意見是否受其影響。但必須要說明的是，台灣是依法行政的國家，且本會為獨立機關，依照促進轉型正義條例（下稱促轉條例）第八條規定，委員只有在法定事由下始得由行政院院長免除或解除職務，黃前主委可能是對機關的性質或是對促轉條例的內容有不同的理解，才會作出這樣的建議。促轉會也質疑，如果國民黨至今仍不願理性面對過去的所作所為，不論是組成什麼樣的新團隊或是經歷如何形式的改組，國民黨絕不可能會有滿意的一天。

促轉會指出，本會是透過立法院通過所成立之獨立機關，所有委員人事均經行政院長提名、立法院通過；依司法院釋字第613號解釋，獨立機關設置主要目的是為「排除上級機關在層級式行政體制下所為對具體個案決定之指揮與監督，使獨立機關有更多不受政治干擾，依專業自主決定之空間」。爰此，採合議制的委員會均受任期制保障，依法執行職務。若僅因正副主委出缺即主張全面改組，恐有誤解相關法律與解釋，停留在傳統領導思維之虞。

至於黃前主委憂慮的空轉問題，促轉會強調，目前所有會務運作如常，絕無空轉。自揭牌以來，各項轉型正義工程皆緊鑼密鼓進行中，無任何遲滯或中斷，階段性的工作規劃與成果報告也持續上網公開，供國會監督與社會大眾檢視。

誠如許多關心轉型正義者指出的，轉型正義是與時間競賽的工作，所以本會所有同仁面對緊迫的任務期限，無不兢兢業業、分秒必爭。促轉會指出，若貿然重組而迎來時程未定的人事提名及審查作業，反而是真正的空轉，如此必將使持續凋零的政治受難者與家屬期望落空，這才是所有關心轉型正義的有志者所最不樂見之事。

促轉會認為，黃前主委一文，其實反映部分對轉型正義感到憂懼者的類似迷思，讓本會深感轉型正義教育的重要性與迫切性，故有必要再次澄清：推動轉型正義並不等同於攻擊特定政黨的「打手」。轉型正義的重要任務是，反省威權時期統治者扭曲國家體制侵害人民基本權利的作為，國民黨為戒嚴時期的唯一執政黨，長期透過國家機器對台灣社會進行鎮壓及監控，為還原歷史真相，相關調查不得不以「威權時期的政府作為」為標的。

至於國民黨也呼應黃前主委，提出應徹底重組方願意審查預算，促轉會回應，國民黨證明自己成功轉型的最佳方式，應是坦然通報政治檔案，並在國會理性監督行政機關，而非持續以污名、標籤方式，以議事杯葛為名，迴避轉型正義業務與議題的嚴肅討論。

促轉會認為，要推進這樣的歷史揭露與討論，勢必涉及懷有不同歷史記憶、意識形態甚或政治立場者之間可能存在的價值或世界觀衝突，因此轉型正義工作需要相當細緻的規劃與行動，不該、也不可能以取悅所有人為目標。在逾三十年後方才啟動的民主化基礎工程，需要面對的政治、社會條件，尋求的社會溝通模式，都已與總統選制、全民健保等政策規劃時期大相徑庭，這是本會匯集各式專業、世代與背景之成員戮力以赴之所在。我們不會輕易停下腳步，也期待並歡迎社會大眾對本會具體工作成果進行檢驗與批評指教。