為了瞭解威權統治時期人權受到迫害的整體情形，促轉會對有關軍事審判流程之政治檔案內容進行全面整理，結合人權館典藏之補償資料與檔案管理局典藏之政治檔案，編碼建置臺灣轉型正義資料庫，並於109年2月上午舉行發表會，正式提供各界檢索應用。

透過資料庫內容，可以查詢包含受軍事審判的受害者基本資料、參與審判的各級軍政官員姓名與官職，以及審判決策經過，有助於還原軍事審判的過程，是轉型正義的基礎工作。惟軍事審判體制參與者是否就是加害者，並無法直接定論；討論加害者議題需要綜合討論不同職位具有的權力與行為，無法簡單用加害者的標籤來概括所有人，資料庫整理了審判過程正是討論的起點，我們未來也會努力帶起社會討論加害者責任釐清。

依據促進轉型正義條例第3條第2款定義，「政治檔案」意指由政府機關（構）、政黨、附隨組織及黨營機構所保管，於威權統治時期，與二二八事件、動員戡亂體制、戒嚴體制相關之檔案或各類紀錄及文件；已裁撤機關（構）之檔案亦適用之。

威權統治時期是黨國一體，政府機關不僅與政黨有密切的文書往來，政府各項決策往往必須經由「黨中央」批示，以致於目前政府保存的檔案中，時常出現夾雜政黨內部文書的情形，顯見在威權時期，執政黨生產的檔案，性質上與國家檔案相同，因此，清查政黨所持有的政治檔案，是還原歷史真相的重要拼圖。

依據促進轉型正義條例第18條規定，政黨、附隨組織或黨營機構持有政治檔案者，應通報促轉會，經促轉會審定者，應命移歸為國家檔案。促轉會得主動調查政黨、附隨組織或黨營機構持有政治檔案之情形，並經審定後命移歸為國家檔案。政黨、附隨組織或黨營機構拒絕將促轉會審定之政治檔案移歸為國家檔案者，處新臺幣一百萬元以上五百萬元以下罰鍰，並得按次連續處罰。同條例第19條規定，明知為由政府機關（構）、政黨、附隨組織或黨營機構所保管之政治檔案，以毀棄、損壞、隱匿之方式或致令不堪用者，處五年以下有期徒刑。
 

依據促進轉型正義條例第4條規定，促轉會應主動進行真相調查，徵集、彙整、保存以違反自由民主憲政秩序而蒐集、製作或建立的政治檔案，並依相關檔案資料，邀集各相關當事人陳述意見，以還原人權受迫害歷程，並釐清壓迫體制加害者及參與者責任。相關調查程序將依據促轉會制訂的「威權統治時期歷史真相調查辦法」進行。

威權政體：
民國106年12月27日公布之《促進轉型正義條例》所界定的威權統治時期，係指自中華民國34年8月15日起至81年11月6日止。至於何謂威權統治？世界各國因生存條件各異，進而衍生出不同的政體型態，一般論述政體通常簡化分成三種政體，即民主模式、極權模式及威權模式。關於我國戰後整體統治體制發展的描述，由學界、媒體以及政治團體之論述，多視之為威權體制，並可以下列3項國內外重要的學術論述作為參考：
1.Juan J. Linz（1975，《Totalitarian and Authoritarian Regimes》）指出，「威權政體」（authoritarian regimes）的主要特徵有：(1)有限的政治多元，但無責任政治的特質；(2)無清楚的意識型態，但有特定理念取向、(3)有限的政治動員；(4)由單一領袖或小團體行使權力；(5)權力行使制度並沒有清楚的規則但其行為模式可以預期。而依據統治者的不同性質，又可分為：政黨威權、軍事威權、官僚威權、君主威權與宗教威權。無論哪一種性質，它都強調以國家公權力為基礎的政府對於民間社會的控制與支配。威權體制的領導者通常不受節制運用政治權力，無視現存法律，同時也不必在任何出於自由選擇的選舉競爭中獲得公民之授權。在威權政體中，那些嘗試與現有統治集團競爭的反對政黨或者是替代性政治群體，也會遭到限縮或者根本無法生存。
2.蕭全政（1995，《臺灣新思維：國民主義》）指出，戰後我國威權體制的特色，除了以戒嚴法為中心而限制某些基本人權和公民參政權外，還包括政府對經濟活動的干預、管制與對人民團體的動員、控制等。同時，為了整體政經體制的存續與發展，威權政府會不斷因應內外局勢變化，調整其統治措施，而外來的政經勢力對該體制的權力系統或經濟合理化過程，也會產生影響。
3.李福鐘（2008，《情治機構與白色恐怖之進行（1949-1991）（第2年）研究成果報  告（完整版）》）認為戰後我國的「威權體制」，「除了具備威權主義的若干特徵外，由於其單一支配性政黨係模仿自列寧式先鋒黨或法西斯式政黨，而形塑出以黨領政、黨意取代國民意志的黨國統治形態」。因此，也有學者交替使用「黨國體制」與「威權主義體制」論述民主化前的我國。因此，戰後我國的威權體制結構，至少包含以下4種體制設計：(1)動員戡亂體制：動員戡亂時期臨時條款、萬年總統、國家安全會議、動員戡亂相關法律與情治機關；(2)戒嚴體制：戒嚴令相關法律、非軍人適用軍事審判；(3)萬年國會；(4)黨國機制。此四種體制交互運用，從而形成綿密而繁複的威權體制。
威權象徵：
依照《促進轉型正義條例》第2條第2項規定，本會被賦予的任務之一為清除威權象徵，復依照同條例第5條第1項規定，本會必須就出現於公共建築或場所之紀念、緬懷威權統治者之象徵，加以檢視、反省，並應予移除、改名，或以其他方式處置之。
參考教育部重編國語辭典修訂本的相關解釋，「威權象徵」應指以有形的物來表現無形的威勢權力。即對抽象的、看不見的威勢權力，不直接予以指明，而根據理性的關聯、社會的約定，透過某種意象為媒介，間接加以陳述的表達方式。
我國於威權統治時期曾違反自由民主憲政秩序，藉由威權統治人權的政府機關（構），其所造成之影響與記憶延續至今，致使現今公共空間或建築，仍存有紀念或傳播威權統治之物件、符號、標誌或名稱，是為威權象徵。威權象徵通常透過這些有形物件深層轉換機制成為日常生活習慣，無著痕跡滲透至社會每一角落，進一步型塑特定且意識性的集體記憶。
台灣在民主轉型後，除了必須處置上述有形緬懷或紀念威權統治者的有形物件外 本會亦必須對威權統治時期制度性對人權侵害有所回應，即轉型正義。臺灣民間真相與和解促進會（2015，《記憶與遺忘的鬥爭：臺灣轉型正義階段報告》）提出「轉型正義」指的是一個國家在民主轉型後，處理正義的工程，包括處置加害者的正義、回復受害者的正義，以及歷史與真相的正義，該書亦引用2001年在紐約成立的「國際轉型正義中心」對轉型正義更詳細的定義：轉型正義是對過去制度性或大規模人權侵害的回應。他的目的是讓受害者獲得肯認，同時也提升和平、和解與民主的可能性。轉型正義並非特殊形態的正義，而是以歷經普遍性人權侵害的轉型社會為對象的調適性正義。因此，本會的工作任務除了上開條例賦予的權力以，在透過歷史真相揭露、指認加害者、肯認受害者等工程後，最重要的是，使得臺灣社會得以避免分裂。