中華民國107年5月31日行政院院授人組字第 10700421641 號令訂定發布全文 15 條；並自107年5月31日施行。
中華民國107年8月29日促轉三字第1075300071號令修正「促進轉型正義委員會處務規程」部分條文及「促進轉型正義委員會編組表」；並自中華民國107年8月31日生效。

第1條
促進轉型正義委員會（以下簡稱本會）為處理內部單位之分工職掌，特訂定本規程。
第2條
主任委員綜理會務，並指揮、監督所屬人員；副主任委員襄助主任委員處理會務。
第3條
主任秘書權責如下：
一、文稿之綜核及代判。
二、機密及重要文件之處理。
三、各單位之協調及權責問題之核議。
四、重要會議之籌辦。
五、其他交辦事項。
第4條
本會設下列組、室：
一、還原歷史真相組。
二、威權象徵處理組。
三、平復司法不法組。
四、重建社會信任組。
五、秘書室。
六、人事室。
七、政風室。
八、主計室。
第5條
還原歷史真相組掌理事項如下：
一、回復威權統治時期相關歷史事實，以還原人權受迫害之歷程，並釐清壓迫體制加害者及參與者責任。
二、威權統治時期政治檔案開放應用之研究、規劃及推動。
三、政黨、附隨組織與黨營機構持有政治檔案之通報、調查、審定與移歸為國家檔案之研究、規劃及推動。
四、政治檔案相關爭議事項之受理、諮詢及處理。
五、還原歷史真相與政治檔案相關報告編擬之規劃及推動。
六、其他有關還原歷史真相事項。
第6條
威權象徵處理組掌理事項如下：
一、威權象徵移除與改名之研究、規劃及推動。
二、不義遺址保存、重建與作為歷史遺址之研究、規劃及推動。
三、威權象徵與不義遺址相關處置之研究、規劃及推動。
四、清除威權象徵與保存不義遺址相關報告編擬之規劃及推動。
五、其他有關威權象徵處理事項。
第7條
平復司法不法組掌理事項如下：
一、威權統治時期違反自由民主憲政秩序、侵害公平審判原則所追訴或審判刑事案件之調查，及其他歷史真相調查之研究、規劃及推動。
二、平復司法不法相關方案與作法之研究、規劃及推動。
三、應予平復司法不法之刑事有罪判決案件之研究及處理。
四、規劃人事清查處置及相關救濟程序。
五、平復司法不法相關報告編擬之規劃及推動。
六、其他有關平復司法不法事項。
第8條
重建社會信任組掌理事項如下：
一、重建社會信任、創傷療癒、促進社會對話朝向和解之研究、規劃及推動。
二、民主、法治與人權教育、轉型正義相關文化事務之研究、規劃及推動。
三、經移轉為國家所有之不當黨產用途之研究、規劃、協調及推動。
四、以前款不當黨產成立之特種基金之收支、保管及運用。
五、重建社會信任及不當黨產運用相關報告編擬之規劃及推動。
六、其他有關重建社會信任事項。
第9條
秘書室掌理事項如下：
一、印信典守及文書、檔案之管理。
二、法制、出納、財務、營繕、採購及其他事務管理。
三、國會聯絡及媒體公關業務。
四、本會資訊應用服務策略規劃及管理。
五、不屬其他各組、室事項。
第10條
人事室掌理本會人事事項。
第11條
政風室掌理本會政風事項。
第12條
主計室掌理本會歲計、會計及統計事項。
第13條
本會所列各職稱及工作人員之員額，另以編組表定之。
第14條
本會處理業務，實施分層負責制度，依分層負責明細表逐級授權決定。
第15條
本規程自中華民國一百零七年五月三十一日施行。
本規程修正條文，自發布日施行。

                                          促進轉型正義委員會編組表

附註：
一、 調兼本會各單位之相關機關如下：
（一） 還原歷史真相組、威權象徵處理組、平復司法不法組及重建社會信任組 ：由 文化部、教育部、國防部、法務部、 國家發展委員會 、
內政部警政署及 相關機關人員借調或 以兼任方式指派人員。
（二） 秘書室 、人事室、政風室、主計室： 由相關機關人員借調或 以兼任方式指派人員。
二、 本編組表主任秘書 、 組長由相關機關人員調兼，職稱之官等職等，比照適用「甲、中央機關職務列等表之十一」之規定；該職務列等
表修正時亦同。
三、 本編組表主任 、 人事室主任 、 政風室主任及主計室主任職稱，均比照列薦任第九職等至簡任第十職等。
四、 各機關調兼人員所遺業務， 依「各機關職務代理應行注意事項」辦理，必要時得聘僱人員。
五、 本編組表自一百零七年八月三十一日生效 。