本會依促進轉型正義條例規定，隸屬於行政院，為二級獨立機關，委員依法律獨立行使職權，除政黨及其附隨組織不當取得財產處理條例另有規定外，依促進轉型正義條例第四條至第七條規定，規劃、推動開放政治檔案；清除威權象徵、保存不義遺址；平復司法不法、還原歷史真相，並促進社會和解；不當黨產之處理及運用及其他轉型正義事項。

♦還原歷史真相組業務簡介
一、規劃撰寫轉型正義總結報告
組成撰寫團隊，研擬總結報告架構與內容綱要，蒐整臺灣威權統治時期以及重大案件相關檔案資料、陳述與調查結果，釐清事件真相，完成促進轉型正義總結報告。
二、加速政治檔案徵集與開放應用
協調各機關加速辦理政治檔案解密、移轉與開放應用。清查審定政黨、附隨組織或黨營機構持有之政治檔案，並命移歸為國家檔案，俾完整保存政治檔案，提供各界應用。
三、建置臺灣轉型正義資料庫
建置以政治案件受裁判者為基礎之資料庫，內容包括其審判流程、裁判資料與補償情形等，提供作為釐清歷史真相、撰寫總結報告參考及後續研究使用。

♦威權象徵處理組業務簡介
依促進轉型正義條例規定，本組負有「清除威權象徵、保存不義遺址」之任務，為確立自由民主憲政秩序、否定威權統治之合法性及記取侵害人權事件之歷史教訓，將處置出現於公共建築或場所之紀念、緬懷威權統治者之象徵，並保存或重建威權統治時期，統治者大規模侵害人權事件之發生地，並規劃為歷史遺址。
本組業務執掌簡要說明如下：
一、威權象徵移除與改名之研究、規劃及推動。
二、不義遺址保存、重建與作為歷史遺址之研究、規劃及推動。
三、威權象徵與不義遺址相關處置之研究、規劃及推動。
四、清除威權象徵與保存不義遺址相關報告編擬之規劃及推動。
五、其他有關威權象徵處理事項。

♦平復司法不法組業務簡介
一、邀集機關與學者專家研議並進行立法規劃以下平復司法不法之方案：
(一)回復並賠償被害者或其家屬之名譽及權利損害，及還原並公布司法不法事件之歷史真相等。
(二)識別加害者並追究其責任，及規劃人事清查處置及相關救濟程序。
二、彙整依「二二八事件處理及賠償條例」、「戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償條例」與「戒嚴時期人民受損權利回復條例」之規定而獲得賠償、補償或回復受損權利之受難者案件，辦理刑事有罪判決之撤銷公告，並請相關機關塗銷有罪判決之前科紀錄。
三、依職權或依聲請調查威權統治時期，違反自由民主憲政秩序、侵害公平審判原則所追訴或審判之刑事案件，如經認定屬應予平復司法不法之刑事有罪判決，依法撤銷並公告。
四、考察借鏡外國轉型正義經驗及辦理轉型正義國內、外研討會，宣導轉型正義之觀念，導正法治及人權教育。

♦重建社會信任組業務簡介

一、不當黨產規劃運用
依促轉條例第七條規定，本組主責不當黨產收回後特種基金之成立與運用規劃，主要工作項目如下：彙整國際間不當黨產處置經驗、召開跨領域專家會議、邀請公民團體進行對話，以研擬符合期待、合理合憲之運用與管理方法。
二、政治暴力創傷療癒
本組以政治受難者與家屬的需求為主體，規劃分三階段建置全國政治受難者照顧服務網絡：
（一）區域照顧服務據點試辦。
（二）試辦經驗推廣至各縣市。
（三）發展在地服務。
三、推動轉型正義教育及相關文化事務
邀集各級政府機關與民間組織共同推動轉型正義教育。包括：
（一）協助各級教育單位推廣轉型正義教育。
（二）促進各項轉型正義相關教學資源之流通與分享
（三）向社會各界及專業領域人士（例如心理師、社工師等），推廣轉型正義議題。
主要目的為增進不同群體於轉型正義民主、人權、法治等核心價值之認識。
四、促進對話、重建信任
為了促使國民理解彼此迥異之歷史經驗與記憶，本組致力推動多元形式之共同溝通平台，其中包括：緊扣地方歷史創傷敘事的公民講座、地方論壇等，鼓勵社會大眾擴充特定立場或意識形態，增進面對歷史真相之同理與勇氣。

本會置主任委員、副主任委員及專任委員3人，共計專任委員5人；另置兼任委員4人。置主任秘書1人及4個業務組組長各1人。置秘書室、人事室、主計室及政風室等4個幕僚單位。