媒體報導，本會召開「威權統治時期司法體系檔案應用研商會議」，引起相關檔案之應用及調閱是否將對司法官「思想檢查」的疑慮，本會說明如下：
本會為了還原威權統治時期司法體系運作之歷史真相，研究司法體系被黨化之開始時點，以及黨化之情形何時終結而司法體系確實能依憲政秩序獨立運作，作為本會任務總結報告之內容，預計向司法院、法務部、司法官學院、廉政署等機關調取相關檔案資料，並非如相關報導所述有任何「思想檢查」之計畫。本會依促轉條例第14條所賦予之權限，向各機關調取相關檔案。其中，涉及個人資料之部分檔案，因還原歷史真相之調查為增進公共利益所必要，依促轉條例第16條第5項得合法調用。本會對於此部分歷史真相之還原，僅作體制性、脈絡性之研究，除以檔案作為基礎外，也搭配進行訪談。報告不針對任何個人，若需使用，將盡可能去識別化，亦不會有僅憑檔案即將黨籍與個案結果作直接連結之呈現。此次調取涉及個人資料部分之檔案，僅會使用於本會任務總結報告之中，本會無權、亦不會直接對外開放應用，同時限制業務承辦人方有閱覽權限，相關之使用方式也必定合乎個人資料保護法、檔案法等相關規定。

民國81年司法院及法務部在立法院要求下，通令各法官及檢察官退出政黨活動，隔年人民團體法明文規定政黨不得在法院設置黨團組織。並經學者指出，俟法官法於民國101年施行，聲明退出政黨之法官佔法官人數24％，其中最高法院、最高行政法院、公務員懲戒委員會分別佔55%、50%、64%；聲明退出政黨之檢察官則佔檢察官人數之18%。本會即係為了對威權統治時期法官與檢察官參與政黨之情形作整體性之研究，而向各機關調用相關檔案。

本會並於11月22日召開檔案應用協商會議，與各機關、司法官團體及專家學者共同討論相關檔案調取及應用之方式。於此，就相關機關均對於此次檔案調用與轉型正義之關係，有明確之認知，及會議中各機關團體與學者專家提供之具體建議，本會至為感謝。

至於報導中提到本會調取大法官解釋檔卷，為本會與司法院協調，希望調用涉及鞏固威權統治的大法官解釋會議紀錄及參考資料，包括第一屆中央民意代表長期無法改選、參加叛亂組織罪之構成要件遭擴張解釋，以及非現役軍人得受軍法審判等議題，此批大法官解釋相關文件，除了日前在立法院引發立委關注要求列入政治檔案移轉外，亦長年為學界所期待，以期進一步了解大法官意見形成過程之考量，並深入研討其對台灣民主憲政秩序的影響。

本會除了為還原威權統治時期司法體系運作之歷史真相，也意在探討自威權統治時期邁向民主化後，司法體系所受政黨影響逐步降低之情形，強化人民對於法院審判獨立與檢察體系政治中立之信賴，期與各機關一同努力還原歷史真相，落實轉型正義。