依促轉條例精神,威權統治者之象徵必須清除,是為了確立自由民主憲政秩序、否定威權統治合法性。故威權統治者之界定,應檢視威權統治時期(1945-1992)歷任統治者是否實質造成「侵害人權、違背自由民主憲政秩序」的結果。
依我國憲政體制,行憲後不應再維持訓政時期的「以黨治國」體制。然而,威權統治當局卻透過動員戡亂與戒嚴體制擴大總統權力,藉由成立高於五院的國防會議、國家安全會議等動員戡亂機構,讓身兼中國國民黨總裁的蔣中正總統,得以運用中國國民黨的力量介入國家機制,使政黨凌駕於國家之上,也導致黨、政、軍各方權力高度集中於總統一人。在此情形下,總統的連任限制被取消,總統與五院的關係均違背憲法,統治者用個人意志直接或間接對人民權利造成侵害,成為「威權統治者」。
蔣中正總統是此一體制的建立者,因而得以遂行諸多違反自由民主憲政秩序的行為,不僅在國家經費使用上黨國不分、干涉軍隊人事權,違反軍隊國家化、繞過立法院,以行政命令方式擴大職權,甚至以個人意志干涉司法體系。據本會轉型正義資料庫統計,蔣中正總統參與審理之軍事審判案件,經本會調查高達3,472件,其中不乏直接批示意見的案例;威權統治時期300餘號大法官解釋亦時有其與黨國體制干涉的痕跡。
1975年蔣中正逝世後,蔣經國隨即接任中國國民黨主席,並於1978年就任總統,承繼黨國體制,成為集黨政軍大權於一身的威權統治者。其自1950年代即跟隨其父參與臺灣威權體制之建立,並擔負整合、指導特務組織的角色,無論是早期的「政治行動委員會」、「總統府機要室資料組」,乃至於動員戡亂體制下的「國防會議」,蔣經國皆於其中擔任要職,並發揮高度影響力;其就任總統後,侵犯人權的政治案件不斷,其中以1979年的美麗島事件規模最大、牽連最廣。此外,林義雄宅血案(1980)、陳文成案(1981)等,經本會調查,受害者於遇難前皆受到其主政下之情治機關嚴密監控,威權統治當局涉案的嫌疑至今仍未排除。
蔣經國總統雖於1987年頒布命令解嚴,然動員戡亂體制下的黨國不分與個人集權依然延續。直至其後繼者李登輝總統於1991年宣告終止動員戡亂,我國逐漸重回自由民主憲政秩序,威權統治者乃不復存在。